Ночной мститель и его помощники обеспокоены нападением на лаборатории города и похидением редкого оборудования. Вслед за кражей мощного генератора энергии клан ниндзя наметил себе цель в виде распылителя дождевой воды. Герой подозревает, что таинственный злодей собирает опасное оружие, которое поможет истребить защитников города. Встреча с неожиданным союзником в борьбе «Бэтмен против Черепашек-ниндзя» становится вынужденной необходимостью.

Темный рацарь узнает, что юные тинейджеры преследуют своего противника, лидера общества воинов, который объединился с главой лиги убийц. Два этих грандиозных противника, благодаря разработкам доктора с области мутации, провели эксперимент превратив человека с жестокого зверя. Лучшими объектами для осуществления дьявольского плана становятся заключенные тюрьмы обращенные в ужасных монстров. Их задача разорвать, покусать, исцарапать и заразить мутагеном не только храбрых черепашек, но и героя, который в любой момент может стать отвратительным мутантом. В этой битве многих ожидают смертельные сюрпризы.